Når den sprudlende, og tilsynelatende bekymringsløse klassekameraten, Janne Marianne, inviterer hele klassen til bursdagsselskap, er Nils den eneste som dukker opp på festen.

Angsten, usikkerheten og alle allergiene hans kommer i veien for både bursdagsmaten, bursdagslekene og konkurransene Janne Marianne har planlagt, og bursdagsfesten blir slett ikke slik Janne Marianne hadde sett for seg.

Selv om Negative Nils og positive Janne Marianne er to vidt forskjellige barn, så har de kanskje mer til felles enn man skulle tro, og kan de kanskje lære noe av hverandres ulikheter? Kan det til og med tenkes at Nils ikke er så allergisk mot støv og gluten allikevel? 

Negative Nils er en varm og humoristisk forestilling om utenforskap og om det å trosse sine egne redsler for å stille opp for andre.